Базовой тактической частью истpебительной авиации Luftwaffe во время 2-й Мировой войны была эскадра численностью приблизительно 110-140 машин. Истребительная (JG) индентифицировалась по номеру (например, JG 52) и в некоторых случаях также по названию (например, JG 2 Richthofen). Каждая JG делилась на 3-4 группы приблизительно по 40 самолетов; каждая группа нумеровалась римской цифрой (например, I/JG 77, II/JG 77 и т.д.). Эти группы подразделялись на штаффели по 12-16 самолетов, нумеровавшиеся арабскими цифрами. I-я группа каждой истpебительной эскадры включала 1-й, 2-й и 3-й штаффели, вторая 4, 5 и 6, и так далее. Целая эскадра редко действовала вместе; разные группы могли быть разбросаны по аэродромам на большей или меньшей площади и могли действовать хотя и под общим управлением, но с различной степенью независимости. Отдельный штаффель, переброшенный за многие сотни километров от других подразделений родной эскадры, мог действовать вообще независимо.
В разделе такого объема невозможно описать в деталях огромное число вариантов маркировки и эмблем, использовавшихся истребителями Luftwaffe. Чаще всего наблюдалось несколько основных способов. Первый, второй и третий штаффель в истpебительной группе отличались по цвету полосы на фюзеляже: белому, красному и желтому соответственно. Каждый самолет нес по бортам фюзеляжа большой номер от 1 до 16, нанесенный в цвете штаффеля впереди креста. Первая, вторая, третья (если была, и четвертая) группа определялись символом, нанесенным в цвете штаффеля за крестом. Отсутствие символа I-я, горизонтальная полоса II-я, волнистая полоса (замененная в конце войны вертикальной) III-я группа и малый крест или кружок IV-я. Офицеры, занимавшие в структуре эскадры посты командиров групп, адьютантов, оперативных или технических офицеров, имели символы, выполненные из различных полос и шевронов вместо цифр перед крестом по бортам фюзеляжа. Эти символы были почти неизменно черными и белыми; общие символы группы за крестом на таких самолетах также выполнялись черными и белыми. Наблюдались вариации в значении любого символа от одной истpебительной эскадры к другой; примером практически постоянного обозначения может быть двойной шеврон группкомандера.
Каждая истpебительная эскадра, группа и большинство штаффелей использовали для обозначения свои знаки и эмблемы. Поэтому многие одноместные истpебители могли нести комбинацию из трех отдельных эмблем; во многих случаях на самолет были нанесены одна или две из них. Разнообразные по теме, от патриотических и геральдических девизов до карикатурных фигур, эмблемы обычно наносились на носу или под кабиной.
Bf 109F в небольших количествах поставлялся Италии и Венгрии. В октябре 1942 звено из 1/1 истребительной эскадpильи ВВС Венгрии прошло обучение на Bf 109F и было придано немецкой истpебительной эскадре в районе Сталинграда. По соглашению с германским командованием пилоты из 5-й истpебительной группы перешли на Bf 109F и Bf 109G под немецкой опекой; для тренировки эскадpилью 5/1 перебросили в Старый Оскол, а эскадpилью 5/2 в Умань. Первоначально на Русском фронте венгры сформировали отдельное звено, приданое II/JG 51, но затем ввели в бой группу Пума целиком; впервые как отдельная часть она вступила в бой в конце июня 1943 года.
В начале 1943 две (3-я и 150-я) группо RA были вооpужены самолетами Bf 109F-4 и летали на модификациях F-4/B и F-4/R1. Обе части, базировавшиеся на передовых аэродромах Сицилии и Италии, были вовлечены в горячие сражения, последовавшие за катастрофой в Тунисе. Вражеские действия и проблемы снабжения вызвали серьезные трудности в поддержании их боеготовности, поэтому ко времени высадки союзных сил на Сицилии в строю остались очень немногие машины.